1772年，乾隆皇帝下旨令，要求輯佚庫書、廣征遺書，開始編撰《四庫全書》。《四庫全書》是中國歷史上最大的一部叢書，卷帙十分浩大，一律正楷抄寫，分抄七部，分送全國七閣保藏。七部《四庫全書》，前四部分藏于北京紫禁城皇宮之文淵閣，圓明園之文源閣，熱河行宮之文津閣，奉天行宮之文溯閣。后三部分藏于揚州大觀堂之文匯閣，鎮江金山寺之文宗閣，杭州孤山圣因寺之文瀾閣。

　　1781年，即文溯閣所藏是乾隆四十七年抄成的正本，同年11月至翌年初，分四批由四庫總校官護送從北京運抵沈陽。八國聯軍侵華、沙俄侵占沈陽故宮后，文溯閣《四庫全書》遭到破壞，“間有缺冊”。

　　1914年，袁世凱炫耀文治武功，將沈陽故宮珍藏（包括《四庫全書》）運至北京。袁世凱倒臺后，《四庫全書》放置在北京古物陳列所。1924年，奉系有識之士趁勢提出送還《四庫全書》之議，遂于1925年8月璧還沈陽，繼續藏于文溯閣。

　　1931年，“九一八”事變爆發，東北國土淪陷，文溯閣《四庫全書》與沈陽城一起落入日本人手中，后以偽滿洲國國立圖書館之名代為封存。

　　1950年，朝鮮戰爭爆發，為了保護好《四庫全書》，該書被再一次運出沈陽，輾轉多地存放，1954年，《四庫全書》被運回沈陽故宮文溯閣。

　　1966年，出于戰備考慮，文化部決定《四庫全書》從沈陽故宮文溯閣撥交甘肅保存。同年，文溯閣《四庫全書》經過長途跋涉，秘密運至蘭州，藏在蘭州永登連城魯土司衙門大經堂。1971年，文溯閣《四庫全書》又從永登連城秘密遷移至榆中縣甘草店戰備書庫。

　　1999年，為了進一步優化文溯閣《四庫全書》收藏保護環境，甘肅省決定在蘭州九州臺修建文溯閣《四庫全書》藏書樓。

　　2005年7月，文溯閣《四庫全書》藏書樓在蘭州九州臺竣工并投入使用。